藏药的使用和藏医的理论体系是紧密结合的。藏医将“龙”、“赤巴”、“培根”三因素所引起的疾病都归结为“寒症”、“热症”两大类型，藏药方剂亦按其性质将药区分为“热性”、 “寒性”两大性能。藏医在治疗“寒症”时用“热性”药，治疗“热症”时用“寒性”药。在临床上藏药治病多采用数药合成，很少使有单方。许多药方配药都在25种以上，有的甚至高达七八十种、一百多种。

       藏医用药讲究调伏增效、适当配制，即各类药物适配对治。根对治骨骼病，枝对治脉络病，茎对治肌肉病，叶对治六腑病，叶液对治骨髓病，芽对治骨血精液病，花对治眼病，果实对治内脏病，尖对治头部病，外皮即树干下部之皮对治皮肤病，韧皮治筋病，树脂对治四肢病。只有这样，才能充分发挥药物的性、味、效，才能更好地治疗疾病。